Hệ sinh thái rừng nhiệt đới ẩm mưa mùa Ðông Nam Bộ
Hệ sinh thái rừng này vốn có ở Củ Chi và Thủ Ðức. Theo một số tài liệu nghiên cứu cho biết, rừng nguyên sinh Củ Chi là rừng kín thường xanh ưu thế cây họ Dầu (Dipterocarpaceae) và trong cấu trúc tổ thành hỗn giao có khoảng 20-30% các loài cây rụng lá thuộc họ Ðậu (Leguminosea), họ Tử vi (Lythraceae), đều ở tầng nhô và tầng tán rừng. Các cây họ Dầu hiện còn tồn tại ở các đốm rừng thứ sinh khu địa đạo Bến Ðình, có 5 loài là: Dầu lông (Dipterocarpus intricatus), Sến mủ (Shorea cochinchinensis), Vên vên (Anisoptera costata), Sao đen (Hopea odorata), và một loài gỗ quý nổi tiếng như: Cẩm lai (Dalbergia bariensis), Gõ mật (Sindora siamensis), Trắc (Dalbergia cochinchinensis), Xoay (Dialium cochinchinensis), Căm xe (Xylia dolabriformis) và trong họ Tử vi có một loài Bằng lăng ổi (lagerstroemia tomentosa) rụng lá trong mùa khô. Tầng dưới tán có cây Mã tiền hay còn gọi là cây Củ Chi (Strychnos nux-vomica), Cù đèn (Croton sp.), Bời lời và ở bìa rừng hay dưới lỗ trống có Lim xẹt (Peltophorum dasyrachi), Cò ke (Grewia paniculata), Lòng mức (Wrightia annamensis). Do vậy, rừng Củ Chi là kiểu rừng ẩm hơi khô và tương tự như rừng vùng Samát-Cà Tum (Tây Ninh), trên nền đất phù sa cổ tỷ lệ cát cao-địa hình đồi gò thấp lượn sóng nhẹ đến bằng. Còn ở Thủ Ðức, rừng nguyên sinh tương đồng với kiểu rừng ẩm điển hình ở Ðông Nam Bộ, như những cánh rừng ở khu vực Hố Nai, Trảng Bom trước đây, hoặc khu vực Mã Ðà (Ðồng Nai) hiện nay, trên địa hình đồi lượn sóng mạnh có nền đất xen kẽ giữa phù sa cổ, đá phiến sét và các đá acide khác. Trong đó, tổ thành rừng không thấy xuất hiện các loài cây Dầu chịu khô ở rừng Củ Chi như Dầu lông (Dipterocarpus intricatus), mà ưu thế lại là các loài cây Dầu rừng ẩm, như Dầu rái lá lớn (Dipterocarpus alatus), Dầu Song nàng (Dipterocarpus dyeri).
Những năm qua, cùng với việc khoanh nuôi bảo vệ những mảnh rừng thứ sinh còn sót lại, chủ yếu là rừng chồi quanh các khu địa đạo Bến Dược, Bến Ðình, Hố Bò ở Củ Chi, đã bước đầu tiến hành nghiên cứu phục chế kiểu rừng kín ẩm thường xanh, trồng rừng gỗ lớn gỗ quý và gần đây đang mở ra dự án vườn sưu tập thảo mộc, kết hợp với xây dựng hoàn chỉnh khu rừng lịch sử. Ở khu vưc đ?i Long Binh Quận 9, có dự án xây dựng khu công viên văn hóa dân tộc với quy mô trên 400ha, trong đó việc tạo lập thảm thực vật cũng là nội dung trọng yếu.
Hệ sinh thái rừng úng phèn
Thảm thực vật rừng tự nhiên trên vùng đất phèn Thành phố Hồ Chí Minh rất nghèo nàn. Các cánh rừng Tràm tự nhiên (Melaleuca leucadendron) trên giải diện tích rộng lớn khi xưa ở Tây Nam Củ Chi, Bình Chánh, Hóc môn, Nhà Bè, do khai thác và canh tác của con người, nay hầu như không còn nữa, chỉ sót lại số ít rặng cây ở dạng chồi bụi, hoặc một vài ha rừng Tràm trồng còn được bảo tồn ở Trạm thí nghiệm Tân Tạo (Bình Chánh). Vùng này, nơi đất thấp hiện nay có cỏ Năng (Heleocharis dulcis), Cỏ Mồm (Ischaemum indicum), Ráng đại (Acrostichum aureum) và dưới kênh rạch có Bông súng (Nymphea stellata), Rong trứng (Utricularia flexuosa).. Trên những nơi đất cao, thường gặp Ð? (Saocharum spontaneum), Sậy (Pharagmites karta), Bí bái (Acronychia laurifolia), Bình bát (Annona glabra), Mua (Melastoma affine), Dành dành (Gardenia jasminoides) và một số loài dây leo ưu phèn.
Từ sau giải phóng (1975), thực hiện chủ trương dãn dân, phát triển các cụm kinh tế mới và xây dựng các nông trường, đất phèn hoang dã được đưa vào sử dụng ngày càng nhiều. Ngoài việc mở rộng diện tích trồng lúa, mía, thơm, hoa màu và các cây ăn quả lưu niên ra, phong trào trồng rừng và trồng cây phân tán của nhân dân đã phát triển rất mạnh, với chủ yếu hai loài cây Bạch đàn trắng (Acasia Auriculiformis), Keo tai tượng (Acasia mangium), So đũa (Sesbania grandiflora).. Nhờ vậy, môi trường sinh thái vùng ngập phèn ngoại thành đã nhanh chóng được cải thiện và đang từng bước trở thành trù phú
Hệ sinh thái rừng ngập mặn
Rừng ngập mặn tập trung ở huyện Cần Giờ (phía Nam Thành phố) vốn là rừng nguyên sinh, xuất hiện đã lâu năm theo lịch sử của quá trình hình thành bãi bồi cửa sông ven biển; ưu thế loài cây đước (Rhizophora apiculata) có kích thước lớn; với hệ thực vật khá phong phú-104 loài thuộc 48 họ. Thời thuộc Pháp, nó là rừng cấm, song, khoảng từ năm 1961-1970 bị các đợt khai quang rải chất độc hóa học của Mỹ, nên có tới 80% diện tích rừng vùng này bị hủy diệt, khiến đại bộ phận đất đai trở thành những trảng cỏ cây bụi thứ sinh. Từ năm 1978, thành phố Hồ Chí Minh đã đầu tư trồng phục hồi hàng chục ngàn ha rừng đước, chủ yếu tập trung vào khoảng thời gian 1978-1986. Ngoài ra, ở phía Bắc huyện thuộc vùng nước lợ, rải rác trồng Dừa nước (Nypa fruticans), trồng Tràm và sau đó phát triển thêm cây Bạch đàn, cây Ðiều.
Về cấu trúc quần thể thực vật rừng ngập mặn, sự phân bố các quần xã phụ thuộc rõ rệt vào điều kiện lập địa-mà ở vùng ngập mặn, thì mức độ ngập thủy triều và độ dẽ chặt của đất là yếu tố chi phối chủ yếu. Nhìn chung, các quần xã thực vật quen thuộc ở rừng ngập mặn phía Nam nước ta, hầu như đều hiện diện tại Cần Giờ. Ngoài một số trên diện tích không lớn đất "giồng" đã được canh tác nông nghiệp và trồng cây vườn ra, ở Cần Giờ hiện có các quần xã thực vật tự nhiên chủ yếu, được hình thành và phân bố tuần tự từ nơi đất thấp, bùn lỏng chưa cố định đến nơi cao ít ngập triều đất đã có định, như: quần xã Mấm có các hợp tác xã Mấm thuần loại-Mấm trắng (Avicennia alba), Mấm đen (Avicennia officinalis); các quần xã mấm hỗn giao với đước hoặc với Bần trắng (Sonneratia alba); quần xã Dà + Mấm có các xã hợp Dà + Mấm đen (Ceriop tagal + Avicenniaalba); quần xã Chà là có các xã hợp Chà là thuần loại (Phoenix paludosa), Chà là + Ráng đại (Acrostichum aureum), Chà là + Giá (Excoecaria agallocha) và nhiều loài cây khác như Sú, Cóc (Lumnitzera racemosa)..; thể hiện quy luật diễn thế thảm thực vật rừng ngập mặn, theo độ cao địa hình một cách rõ rệt và nhạy cảm.
Từ khi phục hồi, môi trường sinh thái vùng ngập mặn Cần Giờ được cải thiện, chim, thú đã dần dần tái hiện, như cá sấu, khỉ, heo, chồn, cáo, trăn, rắn.. và hàng chục loài chim. Ðồng thời, sản lượng tôm cá vùng rừng ngập mặn cũng ngày càng nâng cao. Tác dụng to lớn của rừng ngập mặn Cần Giờ, là bảo vệ bờ lấn biển và về lâu dài, còn là giữ vai trò "lá phổi" điều hòa khí hậu cho Thành phố, cho các vùng lân cận và tô điểm cảnh quan phục vụ phát triển du lịch.