Sự đa dạng về cảnh quan, môi trường, tài nguyên thiên nhiên và sinh học của hệ sinh thái đất ngập nước ở vùng này đã được ghi trong các văn bản về bảo tồn thiên nhiên, bảo vệ môi truờng và đa dạng sinh học của Việt Nam và thế giới. Là nơi có những đặc điểm độc đáo về địa lý tự nhiên và địa mạo, địa hình tạo nên một vùng sinh thái cửa sông và eo vịnh, đầm phá ven biển có một không hai ở Việt Nam.
Mũi Cà Mau là vùng bãi bồi trẻ, bề mặt được tạo thành bởi các vật liệu trầm tích từ sông mang tới đọng trong môi trường biển ven bờ và chuyển sang môi trường đầm lầy biển. Bề mặt tích tụ bãi bồi địa hình thấp dưới 1m từ Mũi bãi bồi đến cửa sông Bảy Háp khoảng 34km. Bãi bồi có bề mặt thoải kéo dài ra biển cách bờ 3-4km, rộng trên 10.000ha, trong đó có khoảng 8.000ha bãi bồi lộ ra khi thủy triều xuống tới mức thấp nhất.
Vùng bãi bồi Mũi Cà Mau có chế độ thủy triều rất đặc biệt do tiếp giáp với hai vùng biển có chế độ triều khác nhau. Bờ đông có chế độ bán nhật triều không đều, biên độ triều có trị số lớn từ 2,5-3m, bờ tây thuộc vùng nhật triều với độ lớn của biên độ triều lúc triều cường là 1-1,5m. Thủy triều ở phía đông đẩy nước triều vào sâu trong nội địa còn thủy triều ở phía tây có xu thế hút triều ra phía biển.
Vào mùa khô, ở phía bờ tây dòng chảy gần như song song với đường bờ, ở phía đông dòng chảy theo hướng Tây - Tây Nam đến Mũi Cà Mau thì dòng chảy đổi hướng Tây - Tây Bắc, tốc độ dòng chảy khoảng 22-60cm/s. Từ đó, ở khu vực bãi bồi hình thành xoáy nghịch tạo ra sự lắng đọng phù sa rất lớn là điều kiện hình thành bãi bồi. Quá trình hoạt động của các dòng chảy tạo ra nguồn cung cấp các loài phiêu sinh động thực vật dồi dào cho môi trường rừng ngập mặn đồng thời làm cho quá trình lắng đọng phù sa diễn ra nhanh chóng và thúc đẩy Mũi Cà Mau không ngừng vươn ra phía tây .
Trên đất bãi bồi khi hình thành, loài cây mắm biển với hệ thống rễ đặc biệt và có sức chịu muối cao là loài xâm nhập trước hết ở bãi bùn mới, hình thành các lâm phần dày đặc dọc cửa sông và d?i đất sát mé biển. Khi những loài cây này xuất hiện chúng làm giảm cường độ của sóng triều đẩy nhanh quá trình lắng đọng phù sa, làm cho mặt đất cao lên, các vật liệu rơi rụng hàng năm cũng góp phần làm cho nền đất cao nhanh chóng. Khi mặt đất ổn định thì nhiều loài cây khác nhau sẽ tham gia vào quá trình diễn thế tự nhiên của rừng ngập mặn bãi bồi Mũi Cà Mau.
Rừng ngập mặn và bãi bồi trống là nơi sinh sống và kiếm ăn rất quan trọng của nhiều loài chim biển, trong đó có nhiều loài chim di cư. Theo kết quả khảo sát của tiến sĩ Nial thuộc tổ chức Birdlife vào tháng 3/1999 và tháng 3/2000 của Đặng Trung Tấn cho thấy hiện nay có 74 loài chim sinh sống hoặc kiếm ăn ở khu vực bãi bồi Mũi Cà Mau thuộc 23 họ, trong đó: 5 loài có trong sách đỏ IUCN (tổ chức bảo tồn thiên nhiên quốc tế), 7 loài trong sách đỏ Việt Nam. Trong 74 loài chim kể trên thì có 28 loài thuộc 7 họ là các loài chim di cư. Các loài chim quý hiếm gồm: cò trung quốc (Egretta eulophotes), bồ nông chân xám (Penlecanus philippinensis), rẽ mỏ cong hong nâu (Numisnenius Madagascariensis), quắm trắng (Threskiornis melanocephalus) đặc biệt là loài giang sen (Lbislencocephalus) và tràng bè thời điểm tháng 7/2005 đã phát hiện hàng ngàn con di cư về kiếm ăn tại khu vực kinh năm, bãi bồi Mũi Cà Mau. Như vậy vùng bãi bồi là một mắt xích quan trọng trong chuỗi các nơi cư trú của các loài chim biển di cư của thế giới, điều đó khẳng định rằng bãi bồi Mũi Cà Mau là vùng đất ngập nước có tầm quan trọng của thế giới và đã được Bộ Tài nguyên và Môi trường đưa vào danh sách các vùng đất ngập nước có tầm quan trọng quốc tế của Việt Nam (khu Ramsar).
Rừng ngập mặn Bãi Bồi có giá trị rất cao về mặt sinh thái, có tác dụng quan trọng trong việc phòng hộ, chống gió, chống xói lở. Sau đai rừng dày, vận tốc gió giảm đi rõ rệt và cách xa 15-20 lần chiều cao của tán rừng gió mới đạt lại vận tốc ban đầu. Nghiên cứu của các nhà khoa học Nhật Bản cho thấy sóng biển có biên độ 1m đi qua đai rừng có bề dày 1,5km thì động năng của sóng hoàn toàn bị triệt tiêu. Đây là vành đai chắn sóng, gió bảo vệ khu cư trú của ngư dân, bảo vệ đời sống và sản xuất của nhân dân các vùng đất liền tạo nền tảng cho quá trình phát triển bền vững. Với địa hình eo vịnh khu bãi bồi có diện tích khoảng 240km2 là thủy vực của hai con sông lớn là sông Bảy Háp và sông Cửa Lớn, hệ sinh thái rừng ngập mặn bãi bồi có vai trò quan trọng trong việc cân bằng sinh thái duy trì chất lượng nước thông qua các chức năng như lưu giữ đất, phù sa và chất hữu cơ, lọc dưỡng các chất ô nhi?m thông qua cây cối và quá trình lắng đọng, dưới tác động của các dòng chảy những con sông lớn mang nguồn nước sạch dồi dào dinh dưỡng và ấu trùng nhiều giống thủy, hải sản cung cấp cho nội đồng tạo môi trường bền vững cho vùng nuôi trồng khoảng 250.000ha của tỉnh Cà Mau đảm bảo năng suất ổn định góp phần hoàn thành chiến lược nuôi trồng thủy sản đạt hiệu quả cao, tăng trưởng kinh tế toàn diện và giảm đói nghèo. Mũi Cà Mau còn có tiềm năng rất lớn về du lịch sinh thái, hợp tác quốc tế, nghiên cứu khoa học. Đây cũng là vùng đất linh ở điểm cuối cùng của Tổ quốc mà ai cũng ước ao sẽ có một lần đến. Với ý nghĩa đó vùng bãi bồi Mũi Cà Mau cần được quy hoạch quản lý bảo vệ, đầu tư và phát triển bền vững.